Byen har brug for helte. For mørket har sænket sig over New York og Shredder og hans onde Fodklan holder både politi og politikere i et jerngreb. Fremtiden ser dyster ud, indtil fire udstødte brødre dukker op fra kloakkerne og udfolder deres skæbne som Teenage Mutant Ninja Turtles. Skildpadderne arbejder sammen med den frygtløse reporter April O'Neil og hendes kvikke kameramand Vern Fenwick for at redde byen og afslører Shredders djævelske plan.