Den allerførste og allerstærkeste af X-Men-mutanterne var Apocalypse, der blev tilbedt som en gud for tusinder af år siden. Nu er den udødelige supermutant atter genopstået, og han er vred over tingenes tilstand. For at udrense og genstarte menneskeheden hverver han en gruppe desillusionerede mutanter med Magneto i spidsen. Så er det op til Professor X og hans hold af gode mutanter at redde verden!