På grund af radioaktiv stråling muterer fire unge skildpadder, så deres intelligens og størrelse får en ordentlig vitaminindsprøjtning. De tre gutter bor i kloaksystemet under New York, hvor de hyggesnakker og spiser pizza. Under den muterede rotte Splinters kyndige vejledning øver padderne sig kung fu. Det bliver der god brug for, da skurken Shredder kommer på banen!