Leonardo, Michelangelo, Donatello og Raphael er tilbage! Sjovere, hurtigere og coolere end nogensinde! Efter at have besejret deres ærkefjende, Flænseren, fordriver de fire Turtles nu tiden i deres kloakhjem med pizza, skateboards og småjobs. Men mørke kræfter lurer på byens overflade, og snart kommer vennerne på deres hidtil hårdeste opgave… Med en uovervindelig hær af monstre vil milliardæren Max Winters overtage verdensherredømmet, og de fire ninja-padder får brug for alle deres tricks og moves!