I en verden, hvor mutanter - mennesker med særlige kræfter - eksisterer, kæmper to grupper for at beskytte eller dominere samfundet. Professor Charles Xavier leder X-Men, som arbejder for fred og sameksistens mellem mutanter og mennesker, mens Magneto ønsker at sikre mutanternes overlegenhed. Konflikten eskalerer, da Magneto planlægger at forvandle verdens ledere til mutanter mod deres vilje, hvilket truer verdensfreden. X-Men må samarbejde for at stoppe ham og forhindre en global katastrofe.