Lede, skræmte eller dumme magthavere vil gøre det voksende antal mutanter til almindelige mennesker ved hjælp af et nyt stof. Mutanterne vil bestemt ikke helbredes, men hvor Charles Xavier og hans X-Men forsøger sig med dialog og fredelig sameksistens, ser skurken Magneto mutanterne som en overlegen rase, der bør herske over jorden. Det trækker op til endeligt opgør mellem de gode og de onde mutanter.