Under en rummission i 1992 udsættes den telepatiske mutant Jean Grey for en voldsom udladning af solenergi, hvilket forstærker hendes mutantkræfter til hidtil uanede niveauer. Hun forvandles til superskabningen Dark Phoenix, men de nye, altødelæggende evner formørker hendes sind, og resten af X-Men-gruppen står nu overfor dilemmaet om, hvorvidt hendes farlige eksistens er etisk forsvarlig.