바이러스성 기생생물 ‘가스트레아’에 맞선 전쟁이 패배로 끝난 근미래. 좁은 국토로 밀려난 인류는 공포와 마주한 채 절망과 더불어 살고 있었다. 암흑으로 둘러싸인 닫힌 세계에서---. 도쿄 에어리어에 사는 소년 렌타로는 대(對) 가스트레아 스페셜리스트 ‘민경(民警)’의 일원으로 위험한 생업에 종사 중이었다. 파트너는 약간 조숙한 데가 있는 소녀 엔쥬. 특수 능력을 구사하며 싸움을 계속하던 두 사람은 어느 날 정부로부터 특명을 받는다. 그것은 도쿄를 괴멸시킬지도 모르는 극비 임무였다….