고교 수험에 영락없이 떨어져 버린 주인공 아오노 츠쿠네는 재수할까 고민하던 중, 아버지가 주워 온 사립 요우카이 학원의 입학 팜플렛을 보고 얼싸 좋구나 하고 그 학교에 들어가게 된다. 그 학교는 버스를 타고 터널을 지나 존재하는 전원 기숙사 제도의 사립학원. 그곳에서 아카시야 모카를 만난 츠쿠네는 두근거리는 가슴을 진정시키지 못하게 되지만, 학교에 들어가 담임의 설명을 듣는 순간, 그저 망연자실할 수 밖에 없게 되었다. 그렇다. 사립 요우카이 학원은 요괴(요우카이)가 인간생활에 적응하는 방법을 배우기 위한 요괴의, 요괴를 위한, 요괴에 의한, 요괴의 학원이었던 것이다. 인간이 학교에 들어오면 그 즉시 사살하는것이 규칙. 이 학교 유일의 인간인 그의 서바이벌 통학이 시작된다. 이후 이리저리 해서 무사히 살아남아 시즌 2에서 2학년으로 진급했다.