돌연변이로 탄생한 신(新)인류 '디클로니우스'가 구인류(현재의 인류)를 위협하는 세계. 디클로니우스 '루시'는 인간들에 의해 실험 대상이 되어 연구소에서 봉인 감시당하고 있었다. SCP? 그러나 돌연 사고로 인해 그녀의 구속장치가 풀려남으로써 순식간에 연구소 내의 거의 모든 사람들이 몰살당한다. 그 앞을 연구소장인 쿠라마가 특수부대원들과 함께 막아내려 했지만 통하지 않았다. 루시는 다른 사람들은 전부 끔살했지만 쿠라마만은 죽이지 않고, 그저 비웃듯이 탈출한다. 그 후 연구소 바깥 절벽 부근에 서 있는 루시에게 50구경 대전차 라이플로 저격한다. 불행인지 다행인지, 총알이 빗맞으면서 머리에 씌워져 있던 구속구가 박살이 나면서 루시는 절벽 아래로 떨어진다. 한편 대학 입학을 위해 사촌인 유카가 살고 있는 카마쿠라에 온 코우타는 유카의 집 근처 바다가 보이는 계단 언덕에서 유카와 재회한다. 모처럼의 만남에 바다를 보러간 둘은 유이가하마 인근에서 “뉴”라는 말밖에 하지 못하는 이상한 소녀와 만나게 된다.