Thomas mengetuai kumpulan Gladers yang melarikan diri dalam misi terakhir dan paling berbahaya mereka setakat ini. Untuk menyelamatkan rakan mereka, mereka mesti memecah masuk ke Bandar Terakhir yang legenda, labirin yang dikawal WCKD yang mungkin menjadi labirin paling mematikan daripada semua. Sesiapa sahaja yang berjaya keluar hidup-hidup akan mendapat jawapan kepada soalan yang ditanya oleh Gladers sejak mereka mula-mula tiba di labirin.