Thomas dan rakan-rakan Gladersnya menghadapi cabaran terbesar mereka setakat ini: mencari petunjuk tentang organisasi misteri dan berkuasa yang dikenali sebagai WCKD. Perjalanan mereka membawa mereka ke Scorch, landskap sunyi yang dipenuhi dengan halangan yang tidak dapat dibayangkan. Bekerjasama dengan pejuang penentangan, Gladers menentang pasukan WCKD yang jauh lebih unggul dan mendedahkan rancangannya yang mengejutkan untuk mereka semua.