Sul lontano pianeta Mobius governato dalla benefica regina Aleena, il terribile, crudele e sleale Dottor Robotnik, è riuscito a conquistare il pianeta con il suo esercito di robot meccanici e i suoi fidi assistenti Sleet e Dingo. La regina Aleena fu costretta a nascondersi; ed essa nascose separatamente i suoi tre figli. Secondo una profezia, i tre fratelli (Sonic, Manic e Sonia) si riuniranno per cercare la loro madre e fermare Robotnik. Alcuni abitanti del pianeta si ribellarono e formarono i Combattenti per la libertà. Quando i fratelli divennero grandi, l'Oracolo di Delphius gli rivelò la profezia, perciò Sonic, Manic e Sonia decidono di unirsi ai Combattenti per la libertà per fermare il crudele e tirannico antagonista e salvare Mobius. I protagonisti possiedono dei medaglioni che si possono trasformare in strumenti musicali, che usano come armi; e tutti i medaglioni possono essere usati come un Laser. Gli strumenti vengono anche usati per formare una band, "Sonic Underground".