Le vicende si svolgono in un universo alternativo abitato da gatti antropomorfi plantigradi; Chance "T-Bone" Furlong e Jake "Razor" Clawson, i protagonisti, fanno parte di una squadra di forze dell'ordine di Megacat City chiamata The Enforcers, comandata da Ulysses Feral, che in realtà è un comandante incompetente e a capo della squadra solo per ragioni politiche. Dopo aver fallito in un inseguimento con Dark Kat, antagonista principale della serie, Chance e Jake vengono declassati da Ulysses e messi a lavorare come meccanici allo scasso della città. Grazie alle parti meccaniche trovate nella discarica, i due gatti costruiscono un jet fighter che chiameranno il Turbokat ed altri utili veicoli e varie armi che conservano in un hangar nascosto. Autoproclamatosi gli SWAT Kats, Chance e Jake decidono di occuparsi personalmente di Dark Kat ed altri criminali della città, diventando dei vigilanti. Gli SWAT Kats mantengono la loro identità segreta a tutti, anche alla segretaria del sindaco Callie Briggs, loro alleata. Nella seconda serie, la nipote del comandante Feral, Felina, si unirà alla squadra di Chance e Jake.