Dans une galaxie très lointaine, se noue un drame. Le chaos règne et une guerre impitoyable se déclare entre la République et les forces séparatistes menées par les sinistres Sith du côté obscur de la Force. La Guerre des Clones bat son plein... Les chevaliers Jedi, garants de la paix et de la justice dans le monde, se battent pour sauver la démocratie et la République, contre notamment le comte Dooku, Dark Sidious, ou encore Assajj Ventress. Pour les combattre, Obi-Wan Kenobi et son apprenti, Anakin Skywalker vont user de toutes leurs ressources... Cette série fait le lien entre l'épisode II et l'épisode III.