Falling Skies åpner i den kaotiske ettervirkningen av et romvesenangrep som har gjort det meste av verden helt handikappet. I løpet av de seks månedene siden den første invasjonen, har de få overlevende samlet seg utenfor de store byene for å begynne den vanskelige oppgaven med å kjempe tilbake. Hver dag er en test av overlevelse mens sivil soldater jobber for å beskytte menneskene de tar vare på samtidig som de driver en opprørs kampanje mot den okkupende romvesenstyrken.