Giovanni is een sluipmoordenaar tijdens de Renaissance in de 15e eeuw in Italië. Aan het begin van een nieuw tijdperk wordt een samenzwering beraamd door een corrupte familie om de machtige Medici-familie omver te werpen en een verenigd Italië te vernietigen. Als een sluipmoordenaar moet Giovanni deze dreiging voorkomen en gerechtigheid brengen. Het verhaal introduceert de situatie voor Assassin's Creed II en de vijanden van beide karakters.