Nikita wordt ten onrechte beschuldigd van een misdrijf en veroordeeld tot levenslange gevangenisstraf, en wordt meegenomen naar een geheime organisatie voor terrorismebestrijding, waar ze tot geheim agent wordt gemaakt. Samen met het team van Section One moet ze missies voltooien en vechten voor haar eigen overleving. De serie is geïnspireerd op de film...