Na het verslaan van de kwaadaardige dr. Robotnik, heeft Knuckles de mierenegel vriendschap gesloten met Sonic en Tails. Ondanks dat er weinig uitdagingen voor hem zijn, blijft hij op aarde. Knuckles besluit op reis te gaan met hulpsheriff Wade Whipple om van hem een krijger te maken. Ondertussen opent een voormalige medewerker van dr. Robotnik, bekend als de Buyer, de jacht op Knuckles met de bedoeling zijn krachten te stelen