Martin Mystery heeft een passie voor alles wat paranormaal is. Als hij niet op school is, werkt deze tienerliefhebber van bovennatuurlijke slijk undercover voor een geheim bureau dat gespecialiseerd is in mysterieuze verschijnselen. Samen met zijn oudere stiefzus Diana, Java (een enorme holbewoner die verdwaald is in de tijd) en Billy (een klein groen zwevend wezen), onderzoekt hij vreemde wonderen. Martin barst altijd van de energie en denkt zelden na voordat hij springt. Diana is zijn beschermengel – een echte A-student, zij brengt de hersenen naar hun missies. Heb je een zombie, alien of geest gezien? Bel Martin Mysterie.