De serie draait om Danny Phantom, een verlegen jongen van 14 jaar. Zijn ouders zijn spookjagers. Op een dag nadat zijn ouders een spookportaal in elkaar hadden gezet, die toegang biedt tot de spookzone, haalde zijn vriendin Sam hem over het portaal in te gaan. Terwijl Danny in het portaal stond en op een knop drukte ging deze aan en werd zijn DNA vermengd met spoken-DNA (ectoplasma), waardoor Danny een halfspook is geworden en verschillende krachten kreeg. Hij kan wisselen tussen Danny Fenton (mens) en Danny Phantom (spook). Hij gebruikt zijn krachten voornamelijk om spoken te bestrijden. Zijn grootste vijand is een ander halfspook genaamd Vlad.