Shaggy en Scooby-Doo en hun vrienden moeten 13 geesten die ze per ongeluk hebben vrijgelaten, terugbrengen in een magische kist. Samen met Daphne en Scrappy-Doo, samen met nieuwkomer Flim-Flam, reizen ze de wereld rond, geconfronteerd met de geesten die terug in de kist moeten worden gebracht.