FBI is een serie over het New Yorkse kantoor van de FBI, waarbij alle vaardigheden, intellect en de meest geavanceerde technologie van het Bureau worden gebruikt om New York en het land veilig te houden. Dit wordt onder anderen gedaan door speciaal agent Maggie Bell, een veteraan van het kantoor in Manhattan, en haar partner Omar Adom "OA" Zidan, die pas in dienst is en uit Queens, New York, komt. Hij werkte voorheen undercover voor de drugsafdeling. Assistent-speciaal agent Jubal Valentine leidt de onderzoeken vanuit het hightech kantoor in Manhattan, samen met analist Kristen Chazal.
Nadat een federale rechter verdwijnt, neemt een routineonderzoek een duistere wending wanneer het team ontdekt dat de rechter op zoek was naar zijn vermiste zoon op een afgelegen eiland aan de rand van de stad, waar de autoriteit is afgebrokkeld. Ondertussen drukt de realiteit zwaar op Jubal wanneer hij een nieuwe leiderschapsrol op zich neemt.
Wanneer schilderijen uit een belangrijke internationale culturele uitwisseling worden gestolen en daarbij een beveiliger om het leven komt — zet het team alles op alles om de onschatbare kunstwerken terug te vinden. Ondertussen vraagt Maggie een vriend om hulp bij het opstellen van een profiel van de verdachten.
Scola en zijn nieuwe partner, agent Ramos, lopen vast wanneer een jonge man zwaargewond wordt gevonden op federaal terrein en hun zaak kruist met een DEA-operatie. Ondertussen zorgt een machtsverschuiving binnen het JOC voor opschudding in het team.
Na een mislukte moordaanslag op een Amerikaanse senator krijgen OA en Maggie de opdracht haar terug te begeleiden naar Washington D.C op een vlucht die veel gevaarlijker blijkt te zijn dan verwacht.
Maggie werkt samen met Eva om een moordenaar op te sporen nadat een schokkende steekpartij midden op de dag plaatsvindt in een park in New York. Wanneer er daarna opnieuw een moord wordt gepleegd, beseffen ze dat de dader een lijst met doelwitten heeft wat de vraag oproept: ‘Wie staat erop, en wie is de volgende?’
Wanneer een overval op een wijkkliniek dodelijk afloopt, onderzoekt het team een drugssmokkelbende en ontdekken ze al snel dat de arts van de kliniek wellicht meer betrokken is dan ze aanvankelijk dachten. Ondertussen liggen Isobel en haar stiefdochter met elkaar overhoop vanwege een familiekwestie.
Wanneer een grootschalige explosie een appartementencomplex in Brooklyn opschudt, lokaliseert het team snel de dader en ontdekt dat hij handelt in opdracht van een veroordeelde misdadiger die momenteel een gevangenisstraf uitzit. Ondertussen moet Isobel haar opvolger benoemen voordat ze aan haar nieuwe functie begint.
Wanneer een journalist wordt neergeschoten tijdens een interview met een premier, wijst alles in eerste instantie op een aanslag, maar het team ontdekt een dieper complot nadat ook de moordenaar zelf het doelwit wordt.
Naarmate de feestdagen naderen, vindt het team drie vermoorde sekswerkers in een herenhuis, ze ontdekken dat de dader een groter plan heeft dat ze snel moeten stoppen. Ondertussen krijgt Jubal een verontrustend telefoontje van zijn zoon Tyler.
Chaos breekt uit in de stad wanneer een aanval mobiele netwerken, internet en hulpdiensten verstoort. Terwijl het team de daders probeert te achterhalen, ontdekken ze dat de verantwoordelijke groep een radicale accelerationistische beweging is die erop gericht is de samenleving volledig te resetten.
After an undercover investigation goes sideways, the team tries to flip their only witness to help them hunt down a rip crew at a cartel wedding. Scola and Nina make a big life decision.
Wanneer een federale klokkenluider samen met twee agenten in FBI-hechtenis wordt vermoord, is het team verbijsterd als blijkt dat een bekende dader weer is opgedoken. Ondertussen worstelt OA met de vraag of hij het team moet vertellen wat er in zijn privéleven speelt.
Nadat de zoon van een eigenaar van een professioneel basketbalteam is ontvoerd en er losgeld voor is geëist, zetten Jubal en zijn team alles op alles om de ontvoerders te pakken. Al snel ontdekken ze dat de daders een groter wraakplan aan het smeden zijn, dat ze snel moeten zien te voorkomen.
Wanneer Maggies zus Erin vermist wordt, zet het team een grootschalige zoektocht in om haar terug te vinden. Als Maggie ontdekt dat een duister figuur uit haar verleden Erin heeft ontvoerd, moet ze haar zus zien te redden voordat het te laat is.
Een gevaarlijke drugsbaron uit Eva's verleden duikt weer op, wanneer twee kinderen en een medewerker van een kinderdagverblijf omkomen door blootstelling aan drugs. Terwijl het team de zaak onderzoekt, moet Eva kiezen tussen haar missie als agent en haar verlangen om wraak te nemen.
Een dubbele moord in Brooklyn zet het team op het spoor van een corrupte havenarbeider. Al snel ontdekken ze dat er iets kwaadaardigs New York is binnengesmokkeld. Terwijl ze zich haasten om de dreiging te stoppen, schakelt Isobel de hulp in van Nikki Reynard, Deputy Chief of Station van de CIA.
Het lichaam van een psychiater van de veteranenzorg wordt verminkt aangetroffen onder een viaduct. Het onderzoek leidt het team naar een verdachte religieuze leider met een aanzienlijke online aanwezigheid. OA bouwt een band op met Special Agent Zara Ushruf, die assisteert bij de zaak.
Als een alleenstaande moeder en haar zoon worden ontvoerd tijdens een bezoek aan een park, schakelt Maggie de hulp in van Peter Olsen om een profiel van de verdachte op te stellen. Terwijl het team aan de zaak werkt, doet het een schokkende ontdekking over een oude zaak.
Als een bewijslocker van de FBI wordt beroofd en een ERT-agent omkomt, ontdekt het team een tweetal burgerwachten die een grootschalige pedofilienetwerk proberen op te rollen. Isobel ontmoet de nieuwe plaatsvervangend directeur.
Wanneer een grote donor wordt vermoord in haar appartement, spoort het team de jonge dader op. Hij blijkt een cryptozwendel te runnen met een van zijn slachtoffers en wil wraak nemen op zijn familie.
Na de moordaanslag op een belangrijke directeur, zoekt het team de leiders van een terroristische organisatie die weer actief lijkt te zijn. OA krijgt tijdelijk een andere functie, nadat hij weigerde bevelen op te volgen en wordt gekoppeld met een bekend gezicht.
Een gestolen biowapen dwingt het team samen te werken met een oude vijand. Ze moeten het dodelijke pathogeen veiligstellen en een uitbraak in New York voorkomen.
