FBI is een serie over het New Yorkse kantoor van de FBI, waarbij alle vaardigheden, intellect en de meest geavanceerde technologie van het Bureau worden gebruikt om New York en het land veilig te houden. Dit wordt onder anderen gedaan door speciaal agent Maggie Bell, een veteraan van het kantoor in Manhattan, en haar partner Omar Adom "OA" Zidan, die pas in dienst is en uit Queens, New York, komt. Hij werkte voorheen undercover voor de drugsafdeling. Assistent-speciaal agent Jubal Valentine leidt de onderzoeken vanuit het hightech kantoor in Manhattan, samen met analist Kristen Chazal.
Wanneer een busexplosie meerdere onschuldige mensen doodt, komt het team in actie om de verantwoordelijke terroristische organisatie neer te halen. Ondertussen probeert Scola het vaderschap in evenwicht te brengen met zijn baan.
Nadat de directeur van de NY Federale bank wordt neergeschoten terwijl hij probeert een jonge vrouw in gevaar te helpen, haast het team zich om de moordenaar en de vermiste vrouw te vinden. Bovendien komt tijdens het onderzoek een schrijnend verband met een van Jubals eerdere zaken aan het licht, wat de druk op hem vergroot omdat hij ook te maken krijgt met de schorsing van zijn zoon op school. vertalen
Wanneer een plaatselijke clubeigenaar dood wordt aangetroffen, gaat het team snel op zoek naar het motief achter de moord op een ogenschijnlijk onschuldige man. Ondertussen is OA verliefd op een nieuwe liefdesbelang, maar ze is bang dat ze met de verkeerde mensen in aanraking komt.
Wanneer een federale rechter op klaarlichte dag wordt neergeschoten, wordt het team op zoek gestuurd naar een verdachte die banden heeft met een plaatselijk islamitisch centrum; Maggie wordt herenigd met een voormalige collega.
Wanneer de directeur van een migrantencentrum in Brooklyn wordt ontvoerd en samen met zijn vrouw gegijzeld wordt, moet het team snel aan de slag om aan de eisen van hun ontvoerder te voldoen. Ook pikt Maggie Jessica's brein over het moederschap.
Nadat meerdere mensen het doelwit zijn en op klaarlichte dag met een giftig gas zijn vermoord, haast het team zich om de moordenaar te vinden, die volgens hen verbonden is met een eco-terroristisch complot. Ondertussen blijft Maggie het moederschap onderzoeken.
Wanneer bij een bomaanslag op een plaatselijk restaurant meerdere gewonden of doden vallen, waaronder een congreslid en iemand uit de omgeving van Isobel, haast het team zich om de verdachte te arresteren voordat er weer een explosief afgaat.
Nadat een medewerker van het Amerikaanse leger op een industrieterrein is neergeschoten, probeert het team de moordenaar op te sporen, die een groter complot onthult. Ondertussen blijft Tiffany worstelen met het schuldgevoel rond de dood van Hobbs.
Wanneer een gepensioneerde FBI-agent wordt gemarteld en vermoord terwijl hij een beveiligingsbaan heeft, gaan Scola en Nina undercover als getrouwd stel, diep in het diamantspel terwijl het team probeert uit te vinden wie verantwoordelijk is. Tijdens de gevaarlijke opdracht van hem en Nina wordt Scola geplaagd door de mogelijkheid dat hun zoon Doug ouderloos raakt.
Nadat een FDIC-bewaker is vermoord terwijl hij een zwangere vrouw in nood verzorgde, gaat het team op zoek naar de vrouw en de moordenaar die haar heeft gegijzeld. Ondertussen maken OA en Isobel zich zorgen over Maggie terwijl ze voor Ella zorgt.
Het team komt in een zeer politieke zaak terecht nadat vier leden van de Taliban zijn neergeschoten en één lid is ontvoerd in New York zonder bewijs van hun binnenkomst in het land. Omdat hij in het Amerikaanse leger heeft gediend, komt deze zaak dichtbij huis voor OA, die moeite heeft om tegenover Gemma open te staan over zijn verleden in Afghanistan.
Wanneer een vrachtwagenchauffeur wordt vermoord en de drug die hij vervoerde vermist raakt, gaat het team op zoek naar degenen achter de overgebleven groep die nu al grote schade aanricht in de straten van New York.
