In de schaduw van Japan woedt een geheime strijd voort. Er bestaan ​​nog steeds ongeveer 200.000 ninja's die dodelijke missies uitvoeren als een geheime organisatie, de National Intelligence of NINJA, of NIN. Maar er ontstaat een uitdager: ONDER NINJA. Deze ninja's staan ​​bekend als UN en verzetten zich elke keer weer tegen NIN. Eén van die VN is Kuro, een eenling op de middelbare school die naar de frontlinie wordt gestuurd. Wat zal zijn lot zijn en welke factie zal de overhand krijgen?