Het verhaal speelt zich af in het jaar 1614. Twee Ninja -clans, Tsubagakure van de Iga en Manjidani van Kouga, vechten tegen elkaar om te bepalen welke kleinzoon van Tokugawa Ieyasu de volgende shogun wordt. De dodelijke concurrentie tussen 10 elite ninja van elke clan ontketent een eeuwenoude haat die alle hoop op vrede tussen hen dreigt te vernietigen.