Sonic, Knuckles dan Tails bersatu semula menentang musuh baharu yang kuat, Shadow, penjahat misteri dengan kuasa yang tidak seperti yang pernah mereka hadapi sebelum ini. Dengan kebolehan mereka mengatasi dalam semua cara, Pasukan Sonic mesti mencari pakatan yang tidak mungkin dengan harapan dapat menghentikan Shadow dan melindungi planet ini.