Setelah Mario dan Luigi berjaya menghalang rancangan Bowser sebelum ini untuk berkahwin dengan Princess Peach, kini mereka menghadapi ancaman baru dalam Bowser Jr., yang bertekad untuk melepaskan ayahnya dari penahanan dan memulihkan warisan keluarga. Bersama rakan-rakan lama dan baru, kedua bersaudara menjelajah lintas bintang untuk menghentikan krusade pewaris muda itu.