인간의 뇌 기능에 이상이 생긴 가까운 미래, 유령이나 요괴를 인식할 수 있게 된 사람들은 이들을 "팬텀"이라 부르게 된다.  그리고 어린아이들 중에선 팬텀에 대항할 수 있는 특수능력자들도 나타나기 시작했다.  팬텀에 대항할 수 있는 특수능력을 가지고 있는 호세아 학원 1학년 이치죠 하루히코는 "오행의 기"로 싸우는 선배 카와카미 마이, 『팬텀 이터』라 불리는 능력을 가지고 있는 이즈미 레이나, 고독하게 팬텀과 싸우는 미나세 코이토와 함께 괴롭고 즐거우면서 많은 일이 펼쳐지는 학교 생활을 보낸다. 그리고 어떤 사건을 계기로 그들은 이 세상의 진실을 알게 되는데...