매립지 위에 세워진 스고모리 시. 일전에 미래형 도시로 번성했던 이곳에 살고 있는 고등학생 아가타 카츠히라는 고통을 느끼지 못하는 특이체질이다.여름 방학을 앞둔 어느 날, 카츠히라는 수수께끼의 소녀 소노자키 노리코의 안내에 따라 고통을 공유하는 '키즈나이버'의 일원이 된다. 이렇게 키즈나이버로 연결된 반 친구들. 그러나 그들은 제각각 다른 그룹에 속한 이질적인 존재였기에 본디 사이 좋게 지낼 일은 없었다. 소노자키는 말한다 '스고모리 시 키즈나 계획’에 대해서. 그것은 분쟁이 끊이지 않는 이 세계를 평화로 이끌기 위한 실험이라고 키즈나이버는 시험대에 오르게 되었으며, 갖가지 시련이 그들을 엄습한다. 서로의 상처를 짊어지게 된 소년 소녀들의 한여름 이야기가 지금 시작된다!.