서기 2000년, 남극에 거대한 운석이 추락하며 미증유의 재난 세컨드 임팩트가 일어난다. 해수면의 상승, 천재지변, 경제붕괴, 민족분쟁, 내란 등으로 세계 인구는 반으로 격감된다. 2015년, 지구가 겨우 회복의 기미를 보이기 시작할 무렵 인류에겐 또 다른 위기가 닥쳐온다. 하나씩 모습을 드러내는 정체 불명의 거대 전투병기 군단 사도. 사도의 출현에 대항하기 위하여 인류는 E계획에 의해 탄생한 생체 전투병기 에반게리온을 개발하고 3대의 기체로 사도를 막아내려 하는데...