むかしむかし、私たちとは異なる歴史を辿った長崎で……。信じていたものに裏切られ、卑劣な罠にかかり、許婚の父を手にかけてしまった雷蔵。許されない罪を背負い、自らも絶体絶命の危機に陥ったところを、町の何でも屋「利便事屋」に救われる。実は、彼らの正体は力なき人たちの復讐を代行する殺し屋、「REVENGER」だった。秘めたる信仰に生きる、優雅な蒔絵師・幽烟。町の人たちに慕われる、元海賊の町医者・徹破。無邪気さと残酷さを併せ持つ、両性具有の少年・鳰。酒と博打を愛する、その日暮らしの博打打ち・惣二。半ば拾われる形で、雷蔵は一癖も二癖もある殺し屋たちの仲間になることに。生まれも育ちも主義も主張もバラバラな５人の間に、命がけの仕事を通じて奇妙な友情が生まれていく。やがて、長崎で起きた事件の真相を追う中で、彼らは大きな陰謀に巻き込まれていく——。