ジョー・ヒガンは、抜け忍となることで掟を破った報復として、かつての組織からアメリカの田舎町で激しい襲撃を受ける。死んだかに見えた彼だが、元の姿であるNINJA KAMUIとして復活、家族の復讐のため、自分を育てた組織を解体するため、古の技術を用いて最新技術で武装する敵と対峙する。旅の途中、彼は手練れの暗殺者、戦闘用サイボーグ、そしてライバルの忍者たちと立ち向かう…。