カントー地方のマサラタウンに暮らす主人公・サトシは、オーキド博士からピカチュウとモンスターボール、ポケモン図鑑をもらい、ポケモンマスターを目指して冒険の旅に出発。ニビジム、クチバジムなどでの激しいバトルや、行く先々でのポケモンたちとの出会い。