忍。それは遥か昔、戦国の世にあった影の存在。いつしか人の心から消え去り、おとぎ話のように語られるだけになってしまったが彼らは今も存在していた。現代の忍の雇い主は政治家や大企業の幹部たちで強力な権力を持った彼らの中には、忍を己の欲望を満たすだけの道具と考えている者もいる。そんな闇に動かされた「悪忍」に対抗するため政府は「善忍」を育成する機密プロジェクトを立ち上げる。内閣特務諜報部諜報一課付特殊機密諜報員養成所（通称：忍学科）は学生1000名を抱えるマンモス進学校「国立半蔵学院」の知られざる裏の姿だった。