主人公のゴンは幼少期に両親と別れ、父親ジンの親戚で幼馴染でもあるミトとその祖母の元で育てられた。ゴンはミトに「父親はあなたが小さい頃に死んだ」と聞かされていたが、あるきっかけでカイトと名乗るハンターと出会い、ジンが生きていること、彼が優秀なハンターであることを知らされる。これを期に父の存在が気になり始め、父に会うべく、自分もハンターになるためにハンター試験を受けることを決意し、旅立つところから物語が始まる。