最愛の母を病気で亡くしたエルリック兄弟は、母を生き返らせようと考えた。 幼くして高い錬金術の能力をもつ二人は自らの能力を過信し、禁忌とされる『人体錬成』に手を出した。 その結果、兄・エドワード（エド）は左足を失い、弟・アルフォンス（アル）は肉体を失い魂だけの存在となってしまった。 自らの右腕と引き替えにエドは、近くにあった鎧にアルの魂を定着させた。 エドは、幼なじみのウィンリィが作った義肢・「オートメイル（機械鎧）」を身につけ、師の教えに背き国家錬金術師（軍属）となった。 自分たちの体を取り戻す鍵となる「賢者の石」の謎に迫る為に。