1万年前、地球の表面は人間とコミュニケーションを取ろうとしたスカブ・コーラルで覆われ、人類は宇宙へと移住せざるを得なくなった。それから約1万年後、人類は再び地球に帰ってくるが、長く離れていた上に地表が変わり果てていたため、この星が地球だとは気付かなかった。スカブは人類とコミュニケーションを取るため、人型コーラリアンの少女エウレカとサクヤを生み出した。サクヤは宗教組織ヴォダラクに聖人扱いされ、感情をほとんど持たなかった。しかし世話係の少年ノルブが彼女を笑わそうと気配りをするうちに年頃の少女らしくなっていき、2人は恋に落ちた。およそ40年前、ふたりは未知の空間へと繋がる次元の歪み、グレートウォールの突破を試みるも失敗に終わった。「王殺し」の家系ノヴァク家に生まれたデューイ・ノヴァクは権力者の父親を殺した。デューイと弟のホランド・ノヴァクはともに軍隊に入り、デューイは情報部、ホランドは特殊部隊SOFに所属される。SOFにはチャールズ・ビームスとその恋人レイも所属していた。かつてコーラリアン殲滅計画「アゲハ構想」を作成した軍の科学技術者アドロック・サーストンは、スカブが知的生命体コーラリアンであることに気付き、対話を試みる。一方、軍はスカブとの対決路線を歩む。