西暦2015年。第3新東京市に、さまざまな特殊能力を持つ“使徒”が襲来した。主人公・碇シンジは、人類が“使徒”に対抗する唯一の手段であるヒト型決戦兵器エヴァンゲリオンの操縦者に抜擢されてしまう。今、人類の命運を掛けた戦いの火蓋が切って落とされる。果たして“使徒”の正体とは何なのか。また、少年たちと人類の運命はどうなるのか。