ゴジラシリーズ第23作にして、従来のシリーズとの繋がりを断って再度リブートした、「ミレニアムシリーズ」第1作。漁船・第三北海丸を破壊したゴジラが北海道根室市に出現した。ゴジラ予知ネットワークを主宰する篠田雄二は、娘のイオ、雑誌記者である一ノ瀬由紀らと共にゴジラと間近で遭遇し、発電所を破壊するゴジラの姿に「ゴジラは人間の作り出すエネルギーを憎んでいるのではないか」と感じる。時を前後して、鹿島灘沖の日本海溝で強い磁力を帯びた岩塊が発見された。新しいエネルギー資源の可能性を見いだした危機管理情報局の宮坂四郎は、局長の片桐光男に引き上げを進言する。しかし岩塊は、引き上げ作業中に自力で浮上してしまった。