ゴジラ・アース討伐に力を注いできたハルオ・サカキだったが、ゴジラを倒すために人を超えた存在になるべきと唱える異星人種族ビルサルドと、それに反対する人間たちとの対立が表面化してしまう。やがてハルオは、ビルサルドの中心的人物であるムルエル・ガルグを葬る。さらにハルオの幼なじみのユウコ・タニが、ビルサルドによる人体の強制ナノメタル化で脳死状態になってしまう。ゴジラ・アースを倒す手立てが消えたと人間たちに敗北感と虚無感が広がる中、高次元怪獣のギドラがまばゆい光を放ちながら降臨する。