ゴジラシリーズ第25作。「ミレニアムシリーズ」第3作。平成ガメラシリーズの金子修介を監督に迎え、ゴジラを「太平洋戦争で亡くなった人々の怨念の集合体」という新解釈で描く。日本へ上陸したゴジラを防衛軍が撃退して半世紀が経とうとした頃、一隻の原子力潜水艦がグアム島沖で巨大な生物と遭遇し消息を絶つ。防衛軍はこれをゴジラであると推察、その出現を警戒する。その頃、日本各地で次々と怪事件が勃発、調査に向かった報道陣は謎の老人に遭遇し、“護国三聖獣”の存在を知らされる。ついにゴジラが日本に上陸。それに呼応するかのように聖獣たちも目を覚ますのであった。