La serie è incentrata sul funzionamento interno dell'ufficio dell'FBI di New York, che mette a frutto tutta la capacità, l'intelletto e la tecnologia strabiliante del Bureau per mantenere la città e gli Stati Uniti al sicuro.
La squadra deve cercare di impedire un attentato bomba ad una conferenza della destra repubblicana conservatrice, ideato da un uomo che vede in quella parte politica la causa della decadenza del paese. Omar, dopo aver lavorato sotto copertura per impedire la vendita della bomba, dovrà intervenire in prima persona per salvare la situazione.
Quando un agente viene ucciso a colpi di arma da fuoco in un banco dei pegni insieme al proprietario del negozio, la squadra cerca di capire perché un giovane brillante ex studente universitario risulta essere legato al crimine.
Mentre la squadra indaga su una rapina mortale ad un deposito di armi automatiche, viene alla luce che uno dei criminali è un compagno di scuola del figlio di Jubal, che è riluttante a collaborare al caso.
Quando un ricco contabile viene ucciso per aver testimoniato segretamente contro un famigerato signore della droga, l'indagine della squadra porta Tiffany a chiedere aiuto a un amico che era precedentemente con la polizia di New York ed è imparentato con il pericoloso boss del crimine.
Mentre la squadra lavora per salvare un bambino di 5 anni vittima di un rapimento, Scola sospetta che la madre del ragazzo non sia sincera sul motivo per cui suo figlio è stato preso di mira. Inoltre, Nina fatica ad aprirsi con Scola su questioni riguardanti la loro relazione.
Maggie torna dal congedo medico in tempo per aiutare la squadra a indagare su due omicidi: uno studente di giurisprudenza sulla buona strada per frequentare l'Accademia dell'FBI e un giovane con possibili legami con una gang. Inoltre, una rivelazione involontaria di Maggie fa temere a OA che stia tornando di corsa al lavoro troppo in fretta.
Quando una rapina mortale su un camion arma gli assassini con abbastanza nitrato di ammonio per costruire un'enorme bomba, il team scopre un collegamento con un gruppo terroristico a cui Maggie sta lavorando per infiltrarsi.
Un adolescente si presenta al quartier generale dell'FBI con una grossa borsa di fentanil, cercando la protezione della squadra dagli uomini che hanno sparato a suo padre. Nina fa a Scola una proposta che lui fatica ad accettare.
Il rapimento di una giovane donna riporta la squadra a un caso irrisolto di 18 anni prima, che spinge Isobel a riallacciare i rapporti con il suo vecchio partner Jake e a tentare di nuovo di risolvere uno dei suoi primi casi al Bureau.
Dopo che una misteriosa arma biologica ha lasciato due lavoratori dell'MTA morti e uno ferito, il team si precipita a determinare chi c'è dietro l'attacco e l'ubicazione del loro prossimo obiettivo; I demoni del passato di Jubal iniziano a riaffiorare.
La squadra indaga sull'omicidio di un informatore professionista dopo che è stato trovato morto fuori da una fabbrica abbandonata a Red Hook. Inoltre, Maggie si ricongiunge con una vecchia collega e sua mentore.
Dopo che una serie di rapine a mano armata ha preso di mira varie aziende, il team indaga su un sospetto che li porta a qualcosa di molto più grande. Inoltre, OA si preoccupa per il suo futuro quando i suoi investimenti cominciano a diminuire.
Quando un agente della sicurezza diplomatica fuori servizio viene ucciso a colpi di arma da fuoco a New York City mentre cercava di arrestare qualcuno, il team indaga se c'è un collegamento con il suo periodo di lavoro in Croazia.
La sparatoria a un ufficiale penitenziario federale porta la squadra da un ex marine che è diventato un ladro da quando è tornato dall'Afghanistan; La sorella di Tiffany si rivolge a lei come guida quando il loro fratello minore inizia a scatenarsi.
Nina Chase dopo esser stata colpita viene portata in ospedale, Forrester rimane a sorvegliarla mentre Jubal torna a New York per aiutare Scola nella sua operazione sotto copertura.
Il colonnello Sittenfeld viene rapito. Il militare è vicecomandante di una base aerea e i rapitori lo torturano per avere i codici di accesso all’armeria. L’FBI rintraccia un membro della squadra che non vuole collaborare, sua moglie svela che lavora per un ex militare turco che vende armi rubate. In mezzo c’è però anche un cartello messicano.
L'autista di un camion viene ucciso subito dopo aver attraversato il confine canadese. Diversamente da quello che pensava la squadra FBI, la vicenda non è legata al traffico di droga ma dal camion vengono rubati esplosivi. Sembra che dei terroristi stiano pianificando un attentato a New York. L’ex collega di Jubal, Jack Lombardo collabora con il caso. Le indagini mostrano un legame con la morte di un uomo subito dopo l’11 settembre.
In un parco federale in piena notte, viene ucciso un barista del bar Emeralds. La sorella di Maggie torna a New York cercando aiuto per rintracciare il fidanzato della sua amica Nikki che viene anche rapita. Il bar Emeralds sarà un punto di collegamento tra i due casi. Sabato 10 febbraio causa Sanremo non ci sarà una nuova puntata inedita, la serie torna il 17 febbraio.
Viene rapita la figlia di un senatore e tutti si mobilitano per le ricerche. L’FBI scopre che tre giorni prima c’era stato un altro rapimento ma che il caso era stato archiviato. Il privilegio ha quindi aiutato nelle ricerche a differenza del caso precedente.
Sei ragazzi vengono trovati morti per overdose, in un bosco a Bronxville. La squadra indaga con l'aiuto dell'agente Val Sula della Crimine Organizzato.
