La serie è incentrata sul funzionamento interno dell'ufficio dell'FBI di New York, che mette a frutto tutta la capacità, l'intelletto e la tecnologia strabiliante del Bureau per mantenere la città e gli Stati Uniti al sicuro.
Quando l'esplosione di un autobus uccide diverse persone innocenti, la squadra entra in azione per sconfiggere l'organizzazione terroristica responsabile. Intanto Scola cerca di conciliare la paternità con il lavoro.
Dopo che il presidente della Fed di New York viene ucciso a colpi di arma da fuoco mentre cercava di aiutare una giovane donna in pericolo, la squadra corre alla ricerca dell'assassino e della donna scomparsa. Inoltre, durante le indagini viene rivelato un collegamento angosciante con uno dei casi passati di Jubal, che aumenta la pressione su di lui mentre deve affrontare anche la sospensione scolastica di suo figlio.
Quando il proprietario di un club locale viene trovato morto, la squadra lavora rapidamente per scoprire il motivo dietro l'omicidio di un uomo apparentemente innocente. Nel frattempo, OA è colpita da un nuovo interesse amoroso ma è preoccupata di essere confusa con la gente sbagliata.
Quando un giudice federale viene ucciso a colpi di arma da fuoco in pieno giorno, la squadra viene mandata a cercare un sospettato con legami con un centro islamico locale. Inoltre, Maggie si riunisce con un ex collega mentre le cose diventano tese tra OA e la sua ragazza Gemma.
Quando il direttore di un centro per migranti di Brooklyn viene rapito e tenuto in ostaggio insieme alla moglie, la squadra deve lavorare rapidamente per soddisfare le richieste del rapitore. Inoltre, Maggie coglie il pensiero di Jessica riguardo alla maternità.
Dopo che diverse persone sono state prese di mira e uccise con un gas velenoso in pieno giorno, la squadra corre alla ricerca dell'assassino, che credono sia legato a un complotto ecoterroristico. Nel frattempo, Maggie continua ad esplorare la maternità.
Quando un attentato in un ristorante locale lascia diversi feriti o morti, tra cui una deputata e qualcuno vicino a Isobel, la squadra corre per catturare il sospetto prima che esploda un altro esplosivo.
Dopo che un dipendente dell'esercito americano viene ucciso in un parco industriale, la squadra lavora per rintracciare l'assassino che rivela un complotto più ampio in gioco. Nel frattempo, Tiffany continua a lottare con il senso di colpa che circonda la morte di Hobbs.
Quando un agente dell'FBI in pensione viene torturato e ucciso mentre svolgeva un lavoro di sicurezza, Scola e Nina vanno sotto copertura come coppia sposata immersa nel gioco dei diamanti mentre la squadra cerca di scoprire chi è responsabile. Nel corso del pericoloso incarico suo e di Nina, Scola è tormentato dalla possibilità che il loro figlio Doug possa rimanere senza genitori.
Dopo che una guardia di sicurezza della FDIC viene uccisa mentre si prendeva cura di una donna incinta in difficoltà, la squadra lavora per localizzare la donna e l'assassino che l'ha presa in ostaggio. Nel frattempo, OA e Isobel si preoccupano per Maggie mentre lei si prende cura di Ella.
La squadra si ritrova coinvolta in un caso altamente politico dopo che quattro membri dei talebani vengono uccisi e uno viene rapito a New York senza alcuna traccia del loro ingresso nel paese. Avendo prestato servizio nell'esercito degli Stati Uniti, questo caso tocca da vicino OA, che fatica ad aprirsi a Gemma riguardo al suo passato in Afghanistan.
