La serie è incentrata sul funzionamento interno dell'ufficio dell'FBI di New York, che mette a frutto tutta la capacità, l'intelletto e la tecnologia strabiliante del Bureau per mantenere la città e gli Stati Uniti al sicuro.
La squadra deve indagare sull'omicidio di una giovane modella che aveva dei collegamenti poco chiari con alcune studentesse.
Questo episodio inizia un crossover che continua in FBI: Most Wanted 3x01 "Oltre l'apparenza" (II) e si conclude in FBI: International 1x01 "Operazione Falco Grigio" (III).
Maggie, OA e il team devono fermare un hacker che ha attaccato i sistemi informatici di 6 diversi ospedali di New York causando il blocco di tutti i macchinari. Il figlio di Jubal attende un importante intervento chirurgico in uno degli ospedali colpiti.
La squadra trova un collegamento tra alcuni attentati e un club privato di veterani a New York. Isobel suggerisce a un riluttante OA di reclutare un ex compagno dell'esercito per ottenere informazioni.
La squadra è alla ricerca di un serial killer che prende di mira giovani senzatetto. Inoltre, Tiffany e Scola non sono d'accordo su come gestire il caso.
Dopo che una donna di periferia è stata rapita dalla sua casa, la squadra indaga sul suo matrimonio apparentemente perfetto. Inoltre, OA sente la pressione di Mona per apportare modifiche al suo percorso professionale.
La squadra deve rintracciare un tiratore che prende di mira gli investigatori dello stesso distretto e unità, mentre deve affrontare la crescente tensione del NYPD. Inoltre, Tiffany scopre che le sue radici nel NYPD potrebbero influenzare la sua visione della situazione.
Dopo che una bambina è stata rapita dal suo asilo nido, la squadra deve aiutare i suoi genitori a far fronte a un debito nei confronti di una banda criminale. Maggie fatica a concentrarsi sul caso a causa del ritorno di sua sorella dalla riabilitazione.
Il team tenta di estrarre informazioni chiave da una vulnerabile vedova dell'11 settembre, Hannah Thompson, che rimane scioccata quando viene informata che il suo nuovo fidanzato è il leader manipolatore di un gruppo terroristico che pianifica un attacco. Inoltre, a Scola ritorna in mente la morte di suo fratello avvenuta l'11 settembre e perciò Tiffany è preoccupata per le sue scelte emotive durante le indagini.
Dopo che Rina viene gravemente ferita mentre si dirige al lavoro con Jubal, la squadra fa un'agghiacciante scoperta su chi ha orchestrato l'attentato e sta prendendo di mira il resto della squadra e i loro cari.
Mentre la squadra indaga su una serie di rapine in gioielleria che culminano in un duplice omicidio, scoprono una connessione con un ragazzo di 16 anni che cerca di sopravvivere al sistema di affidamento. Tiffany viene coinvolta personalmente dopo aver appreso della sfortunata educazione del ragazzo.
Maggie va a lavorare sotto copertura in un bar per indagare su un gruppo antigovernativo che si riunisce regolarmente lì e pianifica attentati dinamitardi.
Quando uno studente universitario musulmano e suo fratello minore vengono assassinati, la squadra si mette in contatto con l'Imam locale dell'ex moschea di OA, che insiste che le vittime siano state erroneamente prese di mira come terroristi.
Dopo che un agente dell'immigrazione viene ucciso a colpi di arma da fuoco da un cecchino durante una partita di hockey, la squadra tenta di trovare l'assassino, che secondo loro potrebbe prendere di mira anche un membro del Congresso che era alla stessa partita.
Quando una giovane coppia viene trovata assassinata in un parco di New York poco dopo essere tornata dalle vacanze, la squadra cerca un sospetto legato al traffico di droga.
OA è costretto ad affrontare una delle sue più grandi paure quando il team scopre che il micidiale gas sarin potrebbe essere stato venduto ai terroristi.
Quando una conduttrice di uno spettacolo mattutino viene uccisa all'interno della sua casa, la squadra individua l'assassino rendendosi conto che sta prendendo di mira donne potenti. Inoltre, le cose diventano imbarazzanti per Scola quando l'agente speciale Nina Chase entra a far parte della squadra durante l'assenza di Maggie.
L'omicidio di un agente della TSA porta la squadra a dare la caccia a un killer che utilizza corrieri della droga per sfruttare i controlli di sicurezza dell'aeroporto. Inoltre, OA fatica a far fronte alle conseguenze dell'esposizione al gas sarin e al decimo anniversario della morte del suo amico dell'esercito in Afghanistan.
Quando un agente della DEA in pensione viene ucciso fuori da una panetteria, il team lavora per determinare se i casi passati della vittima o l'attuale lavoro di buttafuori sono collegati all'omicidio. Inoltre, Nina e Tiffany si scontrano sull'uso di un'informatrice mentre fanno coppia durante le indagini.
