La serie è incentrata sul funzionamento interno dell'ufficio dell'FBI di New York, che mette a frutto tutta la capacità, l'intelletto e la tecnologia strabiliante del Bureau per mantenere la città e gli Stati Uniti al sicuro.
La squadra accoglie un nuovo membro: l'agente speciale Tiffany Wallace che arriva, come nuova partner di Scola, proprio in coincidenza con un attacco armato che ha provocato una strage...
Il ritrovamento dei corpi di tre donne gettati in fondo ad un lago, porta la mente di Jubal indietro nel tempo, ad un caso da lui seguito otto anni prima e risoltosi con l'incarcerazione di Cory McMay...
Antonio Vargas, capo di un importante Cartello della droga a livello mondiale, viene preso in custodia in seguito all'uccisione di un poliziotto. Nulla sembra potergli far evitare il carcere.
Durante una Quinceañera, festa molto sentita in molte comunità latino-americane, un uomo armato irrompe in un locale messicano, fa fuoco ed uccide due persone.
Grace, una bambina di cinque anni, viene rapita da un cottage in un bosco. All'inizio, le indagini sembrano incolpare il padre della piccola. Maggie scopre che Nestor ha due figli che vivono con la sua ex...
La squadra deve infiltrarsi in una banda di narcotrafficanti dopo che la rapina a un impianto chimico ha provocato la morte di due agenti doganali. Inoltre, Nestor offre il suo aiuto sul caso, dando modo a Maggie di capire meglio il suo carattere.
Un membro del Congresso, Logan Reed, viene ucciso sulla porta di casa con un proiettile alla testa. Poche ore dopo, qualcuno ammazza Marcus Ervin con lo stesso Modus Operandi.
Tre persone muoiono in seguito all'esplosione di un'autobomba. Nei pressi della scena del crimine, viene rinvenuto un registratore contenente un messaggio di natura politica...
Una giornalista politica del New York Times, Addie Ricard, viene rapita. Indagando, si scopre che ha una relazione segreta con un senatore: chi vogliono realmente colpire i rapitori? Intanto, Isobel deve fare i conti con la sua relazione.
Durante una rapina, viene ucciso Howard Kirkland, guardia di sicurezza nonché dipendente federale. L'FBI, informata dei fatti, decide d'intervenire per rendere giustizia al collega e amico.
Un pacco bomba uccide il marito di un'Agente Speciale dell'A.T.F.. La squadra indaga sull'accaduto e scopre che l'attentatore è solo all'inizio del suo piano distruttivo...
Un'anestesista ed un dottore vengono rapiti. La squadra indaga e riesce a risalire ad un traffico illegale di organi e ad un padre disperato, disposto a tutto pur di salvare suo figlio...
Tim Davis, a capo della società di brokeraggio Regular Joe, viene ucciso davanti alla sede della SEC (Commissione per i Titoli e gli Scambi). L'FBI indaga sull'accaduto.
Quando si verifica un incidente in un ristorante di New York, la squadra cerca di capire se il movente sia di tipo razziale. Intanto, Maggie è preoccupata per Elise.
Cinque uomini di spicco vengono uccisi durante un'esclusiva partita di poker. Mancano soldi ed orologi di lusso, per cui si pensa subito ad una rapina, ma le indagini conducono ad un'altra pista.
