È passato un anno dalla sconfitta di Vilgax da parte di Ben. La nuova serie animata si focalizza sull'ora sedicenne Ben Tennyson e sul suo segreto, che ormai non è più tale essendo stato rivelato al mondo intero, rendendolo un "supereroe megastar internazionale", amato dai bambini di tutto il mondo, ma guardato con sospetto dagli adulti. Con a disposizione la nuova e misteriosa versione dell'Omnitrix, chiamata "Ultimatrix", Ben Tennyson, insieme a Gwen e Kevin, entrerà in azione in posti mai visti prima.