המאטו יושי, מאסטר נינג'ה החי ומתחבא בתעלות הביוב, מאמץ ארבעה צבים רגילים. כשנוזל סגול ומסתורי הופך אותם לצבים גדולים, הם מתלמדים באומנות הנינג'יטסו ומקבלים את שמותיהם - לאונרדו, רפאל, מיכאלנג'לו ודונטלו, והופכים לצבי הנינג'ה. מנגד, יריבו הנצחי של יושי, אורוקו סאקי תחת מסכת מתכת והשם "שרדר", חובר לשותף בשם קרנג, מוח חייזרי מדבר אשר גורש מביתו במימד איקס, ויחד, השניים משתפים פעולה במלחמה מתמשכת נגד צבי הנינג'ה.