צבי הנינג'ה הם לאונרדו, רפאל, דונטלו ומיכלאנג'לו, שאומנו באמנות הלחימה נינג'יטסו בידי הסנסיי ספלינטר. ממקום מושבם בתעלות הביוב של מנהטן, ניו יורק, ארבעת הצבים נלחמים בפושעים, מגלומנים מרושעים ופולשים חוצנים, ובכל אותה עת נותרים חבויים ומבודדים מפני העולם החיצון.