ארבעה צבי מחמד שבאו במגע עם נוזל חוצני עוברים מוטציה ומתפתחים; שנים לאחר מכן, הצבים לאונרדו, מיכלאנג'לו, דונטלו ורפאל נלחמים בפשע. תחת מאסטר ספלינטר, הם לומדים את אמנות הלחימה העתיקה נינג'יטסו ונקראים כעת "צבי הנינג'ה" - הם שולטים במיומנויות של התגנבות, כלי נשק ולחימה, והם עוצרים את הרשע בכל צורה, בין אם מדובר בכנופיות ברבריות, פושעים נחותים, קיבורגים מטורפים, או אפילו ארגון הפשע "הרגל", בהנהגת יריבו המושבע של ספלינטר, שרדר.